Ecopetrol, convencida de la oportunidad que presentan los biocombustibles para el desarrollo sostenible, continuó durante 2012 investigando en materias primas alternativas y madurando iniciativas de negocio, siguiendo las mejores prácticas internacionales de análisis de proyectos. adicionalmente La Superintendencia de Industria y Comercio otorgó a Ecopetrol la patente de invención de la tecnología Proceso para obtención de diésel a partir de aceites vegetales o animales por hidrotratamiento. 

Actualmente Producimos y comercializamos biocombustibles a través de compañías del Grupo Empresarial Ecopetrol. En la actualidad producimos y comercializamos biodiesel de palma en Ecodiesel Colombia S.A, y nos encontramos desarrollando un proyecto para la producción de etanol a partir de caña de azúcar en Bioenergy S.A.